Első említés a szepsi templomról és plébánosról 1290. december 21-én III. Endre király kiváltságlevelében szerepel. A XI. században országalapító István király rendelete kimondja, hogy minden 10 község építsen egy templomot. Valószinüleg Szepsi első temploma is ekkor épült. Ha igen, akkor ez lehetett elődje annak a háromhajós csúcsíves építménynek, melynek mára csak a szentélye maradt meg. 1449-ben, miután a husziták Somodi mellett vereséget mérnek a magyar hadakra elfoglalják a környéket, a várost és a 14. században épült templomot is kőfallal erősítik meg. 1646-ban a templom már a reformátusok kezén van, és ekkor egészítik ki a ma is meglévő négyszögletű résszel. Az 1794-es tűzvészben leégett, majd a sokáig elhagyott templomot országos gyűjtésből felújítják, és ekkor látják el a 12 dóriai oszlopon nyugvó boltozattal. A belső teret is ekkor újítják, de azóta már többször cserélték. A templomban 3 oltár van, a főoltár a legrégibb, melyet a szomolnoki templomból vettek. Tornyát is többször átépítik, az utolsó nagy építkezés a második világháborús károk után történik. Ekkor a tornyot alapoktól falazzák. A templomkertbe még az 1800-as években is temetkeztek, de már csak papi személyeket és nemeseket.
Egyházi szempontból Szepsi, illetve a régi Szekeresfalva az egri püspökséghez, az abaújvári esperességhez tartozott. Megszerzésére voltak kísérletek a rozsnyói püspökség részéről is, sikertelenül. Jelenleg esperesi központ és a kassai püspökség alá tartozik.
A reformátusok kb. 130 évig használták a katolikus templomot, utoljára 1705 és 1711 között.
A szentlélek tiszteletére felszentelt gótikus templom idegenforgalmi nevezetesség. Mintegy 5500 magyar és szlovák anyanyelvű római- és görögkatolikus hívő lakik a városban, akiknek 1/10-ed része rendszerességgel látogatja a miséket.
A reformáció magját valószinüleg Szepsiben is a husziták vetették el, amikor 1449-ben bevették a várost. A szepsi református egyház keletkezésének évét pontosan megállapítani nem lehet, de egy 1558-ból fennmaradt levél már bizonyítja létezését - templommal, lelkipásztorral, javakkal együtt. Ekkor a katolikus papon és két hívőn kívül az egész város protestáns hiten volt. Az ellenreformáció idején töbször gazdát cserél a templom, de a Rákóczi szabadságharc leverése után 1711-ben végleg a katolikus egyházé marad. A templom nélkül maradt hívek a temetőben építenek egy deszkatemplomot és folyamatosan kérvényezik a kőtemplom építését, amire az engedélyt 1772. július 6-án meg is kapják. Egy év alatt felépül a templom, de csak fatornyocskával, ahogy az engedély megkötötte. Az 1781-es türelmi rendelet értelmében már tornyot és kőkerítést is építhettek. A torony felépül, majd egy éven belül ledől. Újraépítik, de egy pár év múlva a nagy tűzvészben leég, leszakadnak a harangok is. A második világháborúig sértetlenül áll, amikor is a visszavonuló németek a tornyot felrobbantják, tönkretéve ezzel a templombelsőt is. Az új rendszer a tornyot már nem engedi az eredeti magasságába visszaépíteni, és így a klasszicista stílusú templom egy kicsit sután hat. Az utolsó felújítást követően egyedi faragott szószék és kiegészítők kerültek a templomba.
A reformáció elterjedésétől kezdve az 1800-as évek második feléig a reformátusok mindig többségben voltak a városban, de később is jelentős helyet foglaltak el a város szellemi életében. Híres iskolájuk és énekkaruk volt. Jelenleg mintegy 1000 főre tehető Szepsiben a reformátusok száma, akik szinte kizárólag a magyar etnikumhoz tartoznak.
Szepsi zsidóságról csak az 1850-es évek után beszélhtünk, de évszázadokon keresztül jelen voltak Szepsi gazdasági életében. A tokaji borkereskedelem nagyrészben az ő kezükön ment keresztül és a 17. századig e lüktető, észak felé haladó kereskedelemnek Szepsi is szerves részét képezte. A ma már Szepsihez tartozó Bodollóban éltek azok a zsidó kereskedők, akiknek Szepsiben voltak üzletei, de a törvények értelmében, éjszakára el kellett hagyni a várost. II. József kalapos király megnyitotta előttük a szabad királyi városokat is és ekkor kezdődött a falvakról való tömeges betelepedésük a városokba. Szepsibe a zsidók csak 1848 után kezdenek bevándorolni Bodollóból. 1850 elején alakult, illetve tette át székhelyét Szepsibe a Bodollói Izraelita Rabbinátus. Bodollóban ebben az időben 70 - 80 zsidó cslád élt. Pontos adat nem áll rendelkezésünkre, de 1850 és 1864 között építik fel szepsi templomukat. 1857-ben már 30 zsidó család lakott Szepsiben, összesen 138-an. 1867-ben kimodják a zsidók emancipációját, iskolák, egyesületek alakulhatnak, ekkor indul virágzásnak a helyi zsidó hitközség is. Iskolát alapítanak, de a jegyzőkönyvekből kitűnik, hogy a város nem kezeli egyenlően a felekezeti iskolákat, mert a benyújtott támogatási kérvényeiket rendre elutasítja. A hegyalatt megnyitják temetőjüket, amit később kőfallal és boltozatos bejáróval vesznek körül. Utoljára az 1960-as évek végén temetkeztek ide. 1939-ben 211 zsidó él a 2280 lakosú városban.
Az utolsó szepsi főrabbi, Tannenbaum Mózes, 1925-ös palesztinai utazásáról könyvet adott ki, “Mózes utazásai címmel”.
A hitleri törvények értelmében 1944 nyarán gettóba zárják a szepsi zsidóságot, és innen Kassára, majd az auschwitzi megsemmisítő táborba deportálják őket. Kevesen tudnak elbújni és kevesen is térnek vissza. Kb. 20-ra tehető a második világháború után hazakerült szepsi zsidók száma. Ezeknek pedig nagy része az átélt borzalmak hatására kitelepült Izraelbe.
Templomuk az utolsó időkig “úttörő” ill. ifjúsági házként működött, jelenleg üres, felújításra vár.
